Linux 机器根本不用整理硬盘，这就是为什么没有看到过 Linux 用户整理硬盘。Linux 的文件系统是比 Windows 的 FAT, FAT32, NTFS 高明得多的文件系统，它们不但可以对文件设置权限，实施完全的保护，而且可以“越用越整齐”，“越用碎片越少”！你应该把文件大部分放在 Linux 的分区，而不是 Windows 分区，因为它比 Windows 分区可靠得多。
由于大多数科学家，工程师用的都是 Linux 或者某种商业 UNIX, 所以几乎所有商业的科学工程程序，比如 Matlab, Mathematica, AutoCAD, Candence的，Synopsys的，Avant! 的……全都是先有 UNIX 的版本(包括Linux)，然后再考虑移植给 Windows，甚至根本不移植给 Windows，因为 Windows 的机器一般没有足够的能力运行这样的程序。
在 Linux 下用 free 命令，你会发现你的内存几乎每时每刻都快要被用完。那是因为 Linux 把大部分内存用来作为磁盘缓冲了。Linux 有比 Windows 先进的磁盘缓冲技术。你有没有发现你往硬盘写数据的时候，很快就完成了？那是因为 Linux 在内存里有很多磁盘缓冲区，你要写到硬盘上的数据先被写到了这些内存里，然后 Linux 就告诉你“拷贝完成”，当你马上又想删除刚才写入的某些数据时，Linux 只是把数据从内存里移除，然后报告“删除完成”。在一定的间隔时间后，Linux 才把数据写回硬盘，这样不但高效，避免了多次硬盘操作，而且减少了文件的不连续，也就是减少了“碎片”。Windows 当然也有磁盘缓冲，但是由于它内存管理的低效率，它不敢把大量内存都用来作为磁盘缓冲，因为它没有能力在用的时候随时把内存收回来。
IBM 制造的最大的并行计算机有 8000 多个处理器，Windows 不可能有能力管理这么多处理器，它用的是什么操作系统？答案是 Linux。
当然 Linux 不是万能的。它也有不能干的事情，电脑也有干不了的事情。但是 Linux 干不了的事情，Windows 肯定也干不了。这些事情就是我们需要探索，需要努力的事情了。在你探索的过程中，Linux 必定是你的好伙伴。
Shell: bash。我使用 bash 的 vi 命令行方式。
编辑器： VIM, Emacs
程序开发： GCC, make, ld, Scheme48, j2sdk, Perl, Python, Tcl/Tk ...
论文，幻灯工具：LaTeX, ConTeXt
绘图工具：MetaPost。这个语言太强了，以至于我只用它了。你不熟悉的话可以用 dia 来画一些流程图之类的图片。
图像处理：ImageMagick。其中的 import 程序可以屏幕抓图，convert 程序可以转换图像格式，display 可以显示图片和简单编辑(缩放，换质量，转格式，简单绘图，简单虑镜)。通常我就这么点需要。如果你要更强大的图像工具可以用 Gimp, 它几乎和 Photoshop 差不多。
自动管理工具：make。我可以用make来自动编译程序，自动编译文档，自动更新插图…… 全自动，而且不会重复劳动。
打包，压缩程序。什么都有: tar, gzip, bzip2, zip, rar, ...
虚拟光驱程序。Linux 不需要虚拟光驱程序，直接 mount 就行了。
ftp 服务器：proftpd, vsftpd
WWW 服务器：apache。(我一般没有开)
ftp 客户程序：lftp
自动下载工具：wget
虚拟终端：rxvt, xterm, gnome-terminal, mlterm, ...
X server: XFree86
窗口管理器：FVWM。编译加入了 libstroke。
中文输入：XSIM。被我修改过以适应 FVWM 的需要。另外推荐你还可以用 SCIM。
email 处理：Mutt + Postfix + fetchmail
看 PDF, PS, DJVU 文件：Acrobat Reader, xpdf, GhostScript, gv, djvu工具包和 netscape 插件。
看CAJ文档。我从来不看CAJ之类的文档，如果找不到PDF或PS，直接去图书馆借最好。
看网页：Mozilla, Phoenix, lynx。Mozilla-Xft 的显示效果比 IE 好很多。
英汉字典：IBM智能词典，星际译王。
编辑网页：我用 VIM 直接写 HTML。你如果想要图形方式的可以用其它的比如 screem, BlueFish。
登录其它 UNIX, Linux 机器：openSSH, telnet。 openSSH 还可以把其它机器的 X 程序通过 ssh 加密的隧道传到我机器上显示。
放录像：MPlayer, RealPlayer。MPlayer 太好了，直接就可以放 VCD, DVD, divx, wma, wmv ... 。rm 最好还是用 realplayer 放，它也是免费的。
放音乐： xmms
