当确定为主板故障之后，我们便可以进一步的对主板故障进行排查与处理。一般情况下，我们可以通过清理法、观察法与软件诊断法对主板进行处理。
一是清理法。当发现主板上积尘过多时，我们要先对主板进行清理。由于主板积尘过多，加之尘土吸附空气中的水份，极容易造成主板无法正常工作的故障，可用毛刷清除主板上的灰尘。另外，主板上一般接有很多的外接板卡，这些板卡的金手指部分可能被氧化，造成与主板接触不良，这种问题可用橡皮擦擦去表面的氧化层。
用毛刷清理过脏的主板
二是观察法。主要用到“看、摸”的技巧。在关闭电源的情况下，看各部件是否接插正确，电容、电阻引脚是否接触良好，各部件表面是否有烧焦、开裂的现象，各个电路板上的铜箔是否有烧坏的痕迹。同时，可以用手去触摸一些芯片的表面，看是否有非常发烫的现象。
四是复原法。对于一些更改了主板BIOS设置或对CPU超频之后的主板，我们可以通过恢复主板的默认设置，来排除一些常见的故障。特别是死机、重新启动这种故障，一般情况下是由于对CPU进行超频后所造成的，将CPU改成默认的频率后一般这种故障会消失。
开机无显示的故障处理。一般认为，开机无显示故障是硬件引起，这种看法有一定的片面性。在检修这类故障的时候，我们一般还是应该先从软故障的角度入手解决问题。开机时，若电源指示灯没有亮，一般应该怀疑外接电源没有接好或电源有问题。若开机电源指示灯亮但无显示，这种情况一般应按以下的顺序去排查故障：
一是通过主板的跳线(一般在CMOS的电池旁边，具体位置可以参看主板说明书)清除主板上CMOS原有的设置再开机。
主板的跳线
二是重新安装CPU后再开机。
三将电脑硬件组成最小系统 后再开机。
在经过以上三个步骤后，若开机还是没有显示，这时可以在最小系统中拔掉内存。若开机报警，则说明主板应该没有太大的问题。故障的怀疑重点应该放在其他设备上。若在拔掉内存后开机不报警，一般来说，故障可能出在主板上，这时只有把主板送到专业的维修点去维修。
开机有显示但自检无法通过的故障处理。开机有显示但自检无法通过，这类故障一般都会有错误提示信息。我们在排除这类故障时，主要是根据该提示信息，找出故障点。但这类故障一般是因为主板的某个部件损坏引起，多数应该属于硬故障，但也不排除软故障引起的可能。针对软故障的排查，我们可以依照以下的顺序进行：
检查因BIOS设置不正确引起的故障
一是检查BIOS设置。主要是检查因BIOS设置不正确引起的故障。首先可以尝试清除CMOS，看故障是否消失。主板上一般都有清除CMOS的跳线，具体的位置可以参看主板说明书。同时也应该检查BIOS中的设置是否与实际的配置不相符(如：磁盘参数、内存类型、CPU参数、显示类型、温度设置、启动顺序等)。最后可以根据需要更新BIOS来检查故障是否消失。
二是部件的检查。主要是针对连接在主板上的所有板卡、连接线和其他连接设备的检查。检查是否有短路、接插方法是否正确、接触是否良好，可以通过重新插拔来解决一些故障。同时应检查部件的后挡板尺寸是否合适，这可通过去掉后挡板检查。还有对有些部件可以换个插槽和连接头使用。
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